Gerhard Palzer wohnte mit seiner Verlobten in Nordheim vor der Rhön. Der 29. Juli 1952 war sein letzter Arbeitstag vor dem Sommerurlaub. Er trat seinen Streifendienst um 13 Uhr in der Zollgrenzstation Willmars gemeinsam mit einem Kollegen an. Aufgrund akuten Personalmangels teilten sich die beiden Beamten den Kontrollabschnitt auf. Gerhard Palzer patrouillierte allein nördlich von Willmars. Gegen 16.40 Uhr hatte er seinen Beobachtungspunkt erreicht: eine Wegsperre, die sich an der Straße nach Stedtlingen befand. Was sich in den nächsten Minuten an der bayerischen Grenze, zwischen Kiefernhochwald, Kornfeldern und dem abgeholzten Kontrollstreifen auf der Ostseite zutrug, ist unterschiedlich überliefert. Nach der Tagesmeldung der Grenzpolizei der DDR habe Gerhard Palzer den Zehn-Meter-Kontrollstreifen überschritten und vier dort postierte DDR-Grenzpolizisten des Kommandos Stedtlingen in ein Gespräch verwickelt und ihnen amerikanische Zigaretten angeboten. Als die Grenzpolizisten versucht hätten, den Zollassistenten festzunehmen, habe er geschossen und sei nach einem Handgemenge zurück zur Demarkationslinie gelaufen. „Hierauf wurden von unseren Grenzpolizisten insgesamt 2 Karabiner- und 3 Pistolenschüsse abgegeben, wodurch der Zöllner durch Kopfschuß tödlich verletzt wurde.“
Die von der bayerischen Kriminalpolizei vorgenommene Rekonstruktion des Todesfalls stützte sich auf Zeugenaussagen und Tatortuntersuchungen. Demnach versuchten DDR-Grenzpolizisten, Palzer auf bayerischem Gebiet festzunehmen. Als er sich nach einem Handgemenge losriss, sollen diese das Feuer eröffnet haben. Aus den am Tatort aufgefundenen Spuren schlossen die bayerischen Ermittler, dass DDR-Grenzpolizisten die Grenze überquerten und Palzer verfolgten. Zwei Patronenhülsen aus DDR-Karabinern lagen 17 Meter von der Grenze entfernt auf westlichem Gebiet.
Die Hintergründe, weshalb Gerhard Palzer am 29. Juli 1952 sterben musste, blieben bis ins Jahr 2016 ungeklärt. Indizien wiesen wohl auf eine geplante Verschleppung des Zollbeamten in die DDR hin, andererseits kursierten auch Spekulationen über einen privaten Racheakt von DDR-Grenzpolizisten, weil der 26-jährige Zollassistent ihnen den Kontakt mit bayerischen Mädchen verwehrt hätte. Aus MfS-Unterlagen und DDR-Gerichtsakten über den damaligen Kommandeur der MfS-Operativgruppe Meiningen, Oberkommissar Robert Stumpf, geht jedoch hervor, was sich tatsächlich am 29. Juli 1952 an der bayerischen Grenze zu Thüringen ereignete und warum es geschah.
Im Juli 1952 nahm die MfS-Operativgruppe Meiningen neun Grenzpolizisten des Grenzkommandos Hermannsfeld und Stedtlingen fest. Der Staatssicherheitsdienst bezichtigte die Männer, eine „Widerstandsgruppe“ gebildet und Kontakte zu westlichen Dienststellen unterhalten zu haben. Der Chef der MfS-Operativgruppe Meiningen, Oberkommissar Robert Stumpf, und seine Leute erpressten unter Schlägen und Misshandlungen schriftliche „Geständnisse“ von den festgenommenen Grenzpolizisten. Einer der Festgenommenen musste einen Brief an einen ihm bekannten westdeutschen Zollbeamten namens Josef W. aufsetzen und ihn zum Schlagbaum an der Straße zwischen Willmars und Stedtlingen bestellen. Der mit der zuständigen sowjetischen Dienststelle in Hermannsfeld abgestimmte Plan der MfS-Operativgruppe Meiningen sah vor, diesen Zollbeamten als Agentenführer festzunehmen und anzuklagen. „Das Ganze [sollte] als Schauprozeß aufgebauscht“ werden, „als abschreckendes Beispiel“, erinnerte sich später ein Grenzpolizist des Kommandos Stedtlingen. Robert Stumpf beauftragte vier „der besten Grenzpolizisten“, sich am „Schlagbaum Wilmars“ zu postieren und den Zollbeamten Josef W. bei seinem Erscheinen festzunehmen. Sie sollten dabei nur im Notfall von der Schusswaffe Gebrauch machen, da das primäre Interesse in der Festnahme des Agentenführers bestehe.
Bereits am Vormittag des 28. Juli 1952 warteten die vier Grenzpolizisten vergeblich auf den Zöllner und fragten Bauern, die auf bayerischer Seite Korn mähten, wo denn die Kollegen vom Zoll seien, man habe sich verabredet. MfS-Oberkommissar Stumpf begab sich persönlich zur Grenze und wies die Posten an, am folgenden Tag erneut zum Einsatzort auszurücken und auf das Erscheinen von Josef W. zu warteten. Doch an diesem Dienstag, dem 29. Juli 1952, patrouillierte nördlich von Willmars der Zollassistent Gerhard Palzer alleine. Er hatte seinen Streifendienst um 13 Uhr in der Zollgrenzstation Willmars angetreten und erreichte gegen 16.40 Uhr seinen Beobachtungspunkt vor dem Schlagbaum an der Straße nach Stedtlingen. Dort traf er mit den wartenden DDR-Grenzpolizisten zusammen.
Nach Zeugenangaben begannen Palzer und die drei Grenzpolizisten zunächst ein Gespräch am Schlagbaum. Plötzlich kam es zu einer körperlichen Auseinandersetzung. Dabei versuchten die Grenzpolizisten, den Zollassistenten, den sie offenbar irrtümlich für die festzunehmende Person hielten, über die Grenze zu zerren. Palzer konnte sich losreißen und versuchte zu flüchten. Nach MfS-Unterlagen eröffneten die DDR-Grenzpolizisten daraufhin das Feuer und trafen Palzer am rechten Kniegelenk. Palzer stürzte kurz zu Boden und setzte dann seine Flucht in Richtung eines nahe gelegenen Getreidefeldes fort. Kurz bevor er dieses erreichte, traf ihn ein zweiter tödlicher Schuss im Genick. Er brach 78 Meter von der Grenze entfernt am Rande des Kornfelds auf bayerischem Gebiet zusammen. Bauern beobachteten, wie sich die drei Grenzpolizisten zunächst in ein Waldstück zurückzogen, sich dann aber nach einigen Minuten über die Grenze zum Kornfeld begaben, den Toten an den Füßen packten und über die Grenze schleiften. Einer der Volkspolizisten kehrte danach zum vorherigen Liegeplatz des Erschossenen zurück und holte vermutlich die Pistole des Getöteten. In der Tagesmeldung der Grenzpolizei der DDR heißt es hierzu, es seien zwei Karabiner- und drei Pistolenschüsse abgegeben worden. In den MfS-Unterlagen wird der Geschehensablauf nach der Feuereinstellung folgendermaßen geschildert: „Der im selben Augenblick eintreffende Offizier der Op.-Gruppe [Robert Stumpf] ordnete an, den Verwundeten auf das Gebiet der DDR zu tragen, um ihm Erste Hilfe zu leisten. Inzwischen war der Zöllner jedoch verstorben, sodass er wieder auf westliches Gebiet zurückgetragen wurde.“ MfS-Unterlagen zufolge befahl Stumpf dann seinem Kraftfahrer, aus Palzers Pistole einen Schuss abzugeben, um später vortäuschen zu können, der Zollbeamte habe zuerst geschossen und die DDR-Grenzpolizisten hätten daraufhin das Feuer erwidert.
Durch die Bauern alarmiert, trafen Beamte des Zollgrenzdienstes und der Bayerischen Grenzpolizei am Tatort ein. Etwas später erschienen auch die amerikanische Border Police, die Kriminalpolizei und der Amtsarzt. Ein sowjetischer Major und der Stabschef des DDR-Grenzpolizeikommandos nahmen das erste Untersuchungsergebnis entgegen, behaupteten jedoch, Gerhard Palzer habe seine Schussverletzung auf dem Gebiet der DDR erlitten und sich danach noch auf Bundesgebiet zurückgeschleppt. Ein Bauernfuhrwerk brachte den Leichnam Palzers schließlich nach Willmars, wo er in der alten Dorfkirche aufgebahrt wurde.
Vor dem Bezirksgericht Suhl widerriefen die festgenommenen und der Spionage bezichtigten Grenzpolizisten am 11. November 1952 die von Stumpf und anderen MfS-Mitarbeitern erpressten Geständnisse. Das Gericht distanzierte sich ausdrücklich von den Vernehmungsmethoden der MfS-Leute. Es entschied, sich ausschließlich auf die im Gerichtssaal gemachten Aussagen zu stützen, da in den MfS-Vernehmungsprotokollen Geständnisse enthalten seien, die „nur unter Druck und aus Angst vor weiteren Schlägen und Mißhandlungen“ zustande kamen. Das Gericht beschloss zudem, es werde „durch begründeten Beschluß gem. § 4 StPO wegen der Unzulässigkeit derartiger Vernehmungsmethoden Kritik an den Untersuchungsorganen üben“. Der Gerichtsvorsitzende Oberrichter Jäschke reichte diese Beschwerde förmlich bei dem Minister für Staatssicherheit Wilhelm Zaisser in Berlin ein. Zaisser ordnete umgehend die Festnahme Stumpfs wegen Gefangenenmisshandlung und Verletzung der demokratischen Gesetzlichkeit an. Nach 21 Tagen Untersuchungshaft stieß der Staatssicherheitsdienst Robert Stumpf „aus seinen Reihen aus“. Als Ergebnis der Untersuchung hielten die MfS-Unterlagen außerdem fest, Stumpf habe „an der D.-Linie eine Provokation hervorgerufen, bei der ein westlicher Zöllner auf westlichem Gebiet erschossen wurde“.
Die von der sowjetischen Besatzungsmacht und dem MfS beabsichtigte Entführung des Zollbeamten Josef W. ist kein Einzelfall. Am 2. Januar 1952 brachte das MfS den Leiter der Dienststelle des Bundesgrenzschutzes in Hof, Julius Zürner, in seine Gewalt und übergab ihn der Besatzungsmacht. Ein Sowjetisches Militärtribunal (SMT Nr. 48240) verurteilte Zürner wegen „Spionage und Mitgliedschaft in einer konterrevolutionären Organisation“ zum Tod. Am 8. Juli 1952 wurde Julius Zürner in Moskau erschossen.
Unweit der DDR-Grenze bei Willmars errichtete der Freistaat Bayern am 15. November 1953 einen Gedenkstein für Gerhard Palzer. Seit 1996 ist der Stein Teil des Friedensweges entlang der ehemaligen thüringisch-bayerischen Grenze. Eine Tafel informiert dort über den Vorfall, bei dem Gerhard Palzer sein Leben lassen musste.
Nach der Wiedervereinigung konnte die Kriminalpolizei drei der damals beteiligten DDR-Grenzpolizisten ausfindig machen. Bei der polizeilichen Vernehmung verweigerte Heinz S., der nach MfS-Unterlagen den tödlichen Schuss auf Palzer abgab, die Aussage. Von den weiteren am Einsatz beteiligten Grenzpolizisten war einer verstorben, die Identität der anderen konnte nicht mehr ermittelt werden.
