Auch Werner Wendt gehörte zu den 13. Volkspolizisten, die der DDR-Staatssicherheitsdienst zwischen dem 4. und 15. September 1950 unter der Beschuldigung verhaftete, eine „faschistische Untergrundorganisation“ gebildet und vom Kommando Kietz aus politische Zersetzung in der Volkspolizeibereitschaft organisiert zu haben. Die Information über die angebliche Untergrundorganisation stammte von einem Stasi-Informanten: „Dem Verbindungsoffizier der Grenzbereitschaft Eldena wurde von ‚Kirche‘ gemeldet, daß die Vp.-Angestellten Roth, Wrona, Krause und Schwieger sich in der Nacht vom 4. zum 5.9.1950 zum Westen absetzen wollten.“ Die Wachtmeister Egon Roth und Horst Schwieger sollen die Anführer der Gruppe gewesen sein. Wachtmeister Werner Wendt befand sich zum Zeitpunkt der angeblich geplanten Fahnenflucht seiner Kameraden auf Heimaturlaub. Der Staatssicherheitsdienst nahm Wendt bei seiner Rückkehr zum Dienstort am 15. August 1950 fest und übergab ihn am 18. September 1950 dem sowjetischen Militärgeheimdienst.

Werner Wendt wuchs als Bauernkind in Pommern auf und verdiente sich nach der Schule seinen Lebensunterhalt als Landarbeiter. Im Zweiten Weltkrieg diente er in der Wehrmacht und geriet 1945 auf dem Rückzug von der Ostfront in der Tschechoslowakei in sowjetische Kriegsgefangenschaft. Dort erklärte er sich 1948 zum Einsatz in der Volkspolizei der SBZ bereit. Er kam zunächst als Volkspolizist nach Rostock und ab 1949 als Grenzpolizist zum Kommando Kietz an die Elbe. Das Sowjetische Militärtribunal in Schwerin verurteilte Wendt gemeinsam mit seinen Kameraden Gerhardt Hinze, Heinz Krause, Egon Roth, Horst Schwieger und Walter Wrona nach kurzem Prozess am 20. Dezember 1950 wegen Spionage, Aufstand, antisowjetischer Propaganda und Mitgliedschaft in einer konterrevolutionären Organisation zum Tod. Sein Gnadengesuch lehnte der Oberste Sowjet ab. Werner Wendt wurde am 18. April 1951 im Moskauer Butyrka-Gefängnis erschossen. Die russische Militärstaatsanwaltschaft rehabilitierte ihn am 16. August 2001.